Gunung tertinggi di Jepang yaitu Gunung Fuji atau Fujiyama, dengan ketinggian mencapai 3.779 meter. Pegunungan di negara Jepang merupakan rangkaian dari jalur sirkum Pasifik. Jumlah gunung berapi di negeri Sakura ini terdapat 200 dengan 50 buah gunung api yang masih aktif.
Letusan gunung berapi dan gempa bumi sangat sering terjadi. Dataran rendah ada sekitar 16% dari seluruh daratan di Jepang. Dataran rendah yang luas seperti dataran rendah Kwanto, Kinki dan Nobi, yang terletak di Pulau Honshu.
Sungai terpanjang di Jepang adalah Sungai Shimono dengan panjang sekitar 353 km, yang terletak di Pulau Honshu, yang digunakan untuk pembangkit tenaga listrik dan irigasi.
Danau terbesar di Jepang yaitu danau Biwa terletak di dekat Kyoto. Garis pantainya tidak beraturan bentuknya tetapi baik untuk dijadikan pelabuhan.
Dataran terendah di Jepang -3,4 di bawah permukaan laut. Lautan di Jepang adalah tempat pertemuan arus dingin yang di sebut oyashiwo dan arus panas yang di sebut kuroshiwo yang mengakibatkan banyak ikannya.
Baca juga: Pertanian dan perikanan di Jepang
