Susunan pemerintahan kerajaan Islam Indonesia tidak jauh berbeda dengan susunan pemerintahan zaman kerajaan sebelumnya. Pemerintahan dipegang oleh raja dan kaum bangsawan. Sejak zaman sebelum Islam masuk ke Indonesia, rakyat percaya bahwa raja mendapat wahyu dari Sang Pencipta untuk memimpin pemerintahan.
Setelah agama Islam masuk ke Indonesia kepercayaan semacam itu tidak berubah. Raja tetap dianggap sebagai “amirul mukminin”, yang artinya, yang dipertuan dan bertugas mengatur negara serta pemerintahan. Namun, bila raja kurang adil, kejam, atau tidak bijaksana, kurang mendapat kepercayaan dari rakyat.
Dalam melaksanakan pemerintahan, raja dibantu oleh Mangkubumi atau wazir. Mangkubumi disebut juga patih atau perdana menteri. Mangkubumi membawahi pejabat-pejabat pusat. Ialah para menteri, kadi, senopati, laksamana dan syahbandar.
Pemerintahan daerah diserahkan kepada para adipati atau bupati. Para bupati membawahi pejabat-pejabat daerah yang lebih kecil, sampai penguasa desa yang disebut lurah atau pesirah.
Raja dan para pejabat pusat sering mengadakan pertemuan, bertempat di paseban (pendapa keraton). Pertemuan semacam itu dihadiri juga oleh para bupati. Kehadiran para bupati itu sambil mempersembahkan upeti kepada raja. Bupati yang tidak hadir dianggap tidak setia kepada raja.
